Unter Stoffwechsel (lat. Metabolismus) versteht man die Aufnahme, den Transport und die chemische Umwandlung von Stoffen in einem Organismus sowie die Abgabe von Stoffwechselendprodukten an die Umgebung.

Wesentlich für den Stoffwechsel sind Enzyme, die chemische Reaktionen katalysieren.

Alle Vorgänge im menschlichen Körper beruhen auf chemischen Reaktionen und dabei wechselt ein Stoff in den anderen. Ständig werden Stoffe aufgenommen, abgebaut, umgewandelt oder ausgeschieden. Stoffwechsel, das ist die Gesamtheit dieser Vorgänge. Es ist nur zu verständlich, dass dabei eine Menge schief gehen kann. Das Puzzle "Mensch" setzt sich immer wieder neu zusammen. Sind einzelne Teile kaputt, verwackelt oder fehlen, so ergibt sich ein anderes Bild. Der Mensch wird krank.

Stoffwechselvorgänge lassen sich verschiedenen Bereichen zuordnen:

1. Einteilung nach der Funktion der Stoffwechselreaktion im Organismus:
   • Baustoffwechsel - Aufbau von Stoffen, aus denen der Organismus besteht
   • Energiestoffwechsel - exergone chemische Umsetzungen zum Zweck der Energiegewinnung
   • Assimilation - Umbau organismenfremder Stoffe in organismeneigene Stoffe
   • Dissimilation - Abbau organismeneigener Stoffe, meistens zum Zweck der Energiegewinnung
2. Einteilung nach der Komplexitätsänderung von Molekülen:
   • Stoffaufbau (Anabolismus)
   • Stoffabbau (Katabolismus)
   • Stoffumbau (Metabolismus)

Zum Beispiel wandeln in der Photosynthese spezifische Stoffwechselvorgänge (in der Regel die des Calvin-Zyklus) unter Verwendung der von Licht eingestrahlten Energie Kohlenstoffdioxid (meistens aus der Luft stammend), Wasser und andere Ausgangsstoffe in Stoffe um, die entweder sofort dem weiterem Aufbau und Wachstum des Organismus dienen oder gespeichert werden, z.B. Kohlenhydrate. Die Speicherstoffe können später im Baustoffwechsel oder im Energiestoffwechsel verarbeitet werden.

Tiere verstoffwechseln (metabolisieren), bei ihrer Verdauung andere Organismen oder deren Speicherstoffe (etwa Kohlenhydrate, Proteine oder Fette).

Die Erforschung des Stoffwechsels erfolgt vor allem mit Methoden der Physiologie und Biochemie.